急性菌痢若腹泻严重，可引起脱水、酸中毒及电解质紊乱，甚至出现低血压与周围循环衰竭，老年人可诱发心肌梗塞。
孕妇重症患者可致流产或早产。
偶可并发肠穿孔、阑尾炎、肠套叠等急腹症。
在恢复期或急性期偶可有多发性、渗出性大关节炎，关节红肿可在数周内自行消退。
并发败血症者，虽国内外均有报道，但极为罕见，常有菌痢的一般症状和败血症症状的双重表现。起病如一般急性菌痢，但病情随即迅猛恶化。此外，细菌性痢疾还可引起下列罕见并发症，如直肠脱垂、腮腺炎、角膜溃疡、中耳炎、骨髓炎、女婴阴道炎、急性膀胱炎、肺炎及胸腔积液等。
至于白血病样反应、菌痢性肝炎、中毒性心肌炎也偶有报道。
中毒性菌痢除偶然伴发败血症外，还可见弥漫性血管内凝血(DIC)、急性呼吸窘迫综合征、急性溶血性尿毒症综合征、心功能不全及中毒性心肌炎。
长期慢性腹泻可影响营养的吸收，而致贫血与营养不良性水肿等。
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