凡菌痢病程超过两个月以上者称为慢性菌痢，相当于中医的“久痢”或“休息痢”。
下列因素易使菌痢转为慢性：
(1)急性期治疗不及时。
(2)患者原有营养不良。
(3)合并慢性疾患，如低酸或无酸性胃炎、胃溃疡、胆囊炎、肠道寄生虫病等。
(4) 由福氏菌感染引起者。
慢性菌痢可分为以下三型：
(1)慢性隐伏型：过去有痢疾病史，临床症状不明显却存在肠道病变，大便培养有痢疾杆菌生长。
(2)慢性迁延型：有急性菌痢病史，长期迁延不愈，时有腹胀或长期腹泻，带有粘液脓血，腹部有压痛，病程较久者可有消瘦、贫血、维生素缺乏、营养不良、劳动力减退等表现。
(3)慢性型急性发作：有急性菌痢病史，急性期过后症状不明显，可因某种因素如饮食不当、受凉、劳累等出现急性菌痢症状，但症状较急性期轻。
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