多数病人经药物治疗和一般治疗后，病情可获得缓解，但也有一些严重发作的病人，其病变范围广泛，经用内科治疗无效或出现严重并发症，常需外科手术治疗。手术的适应症为：
(1)肠穿孔或濒临穿孔；
(2)大量或反复严重的出血；
(3)肠狭窄并发肠梗阻；
(4)已有癌变或多发性息肉；
(5)急性结肠扩张，经内科治疗无效；
(6)结肠周围脓肿或瘘管形成，(7)并发关节炎、皮肤和眼部病变，药物治疗无效；
(8)长期内科治疗无效，影响儿童发育。
手术方式有多种，结肠、直肠切除及回肠造瘘术是治疗溃疡性结肠炎的主要手术方式。选择性手术的病死率约3%，术后一般均无复发，绝大多数病人能在术后维持良好的健康状况。对病人选用何种手术方式，应根据病变性质、范围、病情及病人全身情况作出决定。
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