肝肾综合征一旦发生，预后极差，死亡率极高。因对该病的发病原因不清楚，缺乏有效的防治措施。有人统计，氮质血症发生后，平均寿命短于6周。肝肾综合征多合并失代偿性肝硬化和严重肝病，故常有肝功能衰竭。死亡原因多数并非尿毒症，而是肾外因素，如肝昏迷、消化道出血和感染等。少数存活者先有肝功改善，而后肾功能才逐步恢复。
影响预后因素：经治疗后肝病能迅速改善，或能找出诱发肾衰的原因并能及时去除或纠正者，预后较好。鲎血细胞溶解试验阴性者(内毒素血症阴性)死亡率显著低于阳性者。
出现少尿、氮质血症、深度昏迷、低血压、血清钠<125mmol/L或尿钠排出量<5mmol/L，合并消化道出血、感染、高血钾等并发症者预后差。
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