慢性萎缩性胃炎的粘膜层有炎症及纤维化，腺体广泛破坏，腺体损失半数以上，出现肠上皮化生或假幽门腺化生，使粘膜层变薄，粘膜肌层增厚，进一步发展成胃粘膜萎缩时，粘膜内炎症浸润几乎消失，胃固有腺体明显萎缩，甚至消失，并且为修复后的纤维组织和残存的其他间质成分所代替。由于慢性胃炎的持续存在，加之腺体损伤，导致胃酸、胃蛋白酶的缺乏，在一定程度上影响食糜的消化吸收，使产生的IgG、IgM型细胞和巨噬细胞增加，抑制细胞毒T细胞较辅助诱导T细胞增高，G细胞减少等全身免疫功能紊乱和肠功能紊乱。故临床上可出现间断性消化不良性腹泻的症状。
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