精神发育迟滞的病因大致分为如下几类。
(1)遗传因素：①染色体异常，如特纳氏综合征、伸舌样痴呆、猫叫综合征等；②遗传代谢异常，如苯丙酮酸尿症、半乳糖血症、家族性黑目蒙性痴呆等；③结节性硬化症，如神经纤维瘤病；④颅脑畸形，如原发性小头畸形、脑积水等。
(2)孕期因素：①感染，妊娠早期各种病毒感染，如风疹、巨细胞病毒等均可导致对胎儿的损害，影响其正常生长发育；②中毒，如烟酒影响、某些药物副作用及一氧化碳、农药中毒等；③物理性损伤，如外伤、缺氧、放射线等；④内分泌疾病，如甲状腺功能不全； ⑤ 母体疾病，如营养不良，妊娠毒血症和高血压等。
(3)围产期因素：如早产、窒息、核黄疸、颅内出血及产伤等。
(4)出生后因素：如感染、头部外伤、中毒、癫痫、营养不良及内分泌疾病等。
(5)心理社会因素：主要指各种原因导致幼年文化教育机会被剥夺这一情况，如有资料称不良社会心理因素可导致精神发育迟滞，指一些不寻常环境中成长起来的狼孩。
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