肾活组织检查的适应症主要为弥漫性肾小球疾病。凡临床考虑为肾脏弥漫性病变，如肾小球肾炎、肾病综合征、无症状性蛋白尿、无症状性血尿、系统性红斑狼疮、过敏性紫癜、结节性多动脉炎等可作为肾穿刺活组织检查的首要指征。感染性肾病，包括肾盂肾炎做肾穿刺活组织检查对诊断无帮助，通常情况下被列为肾穿刺活组织检查的相对禁忌症。
临床上，有时对一些难于诊断和治疗的病例，为了与肾小球肾炎作鉴别，作肾活检以排除肾小球肾炎，有时是必要的。然而，由于肾盂肾炎的病变是呈灶性分布的，而穿刺采出的肾组织仅占肾脏的1/10000，穿刺出来的肾组织不一定是病灶，故肾活体组织检查的结果可以正常；如果刚好穿中病变组织，则检查结果为慢性间质性肾炎，并不能肯定是否因细菌感染所致，除非肾活检组织培养有致病菌，否则不能确诊。
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