由于小儿尿路感染非特异性症状的临床特点，因此，小儿尿路感染诊断的重要依据是尿液细菌的检出，主要是尿液的细菌定量培养，其关键问题是如何在无菌的条件下留取尿液进行细胞学和细菌学的检查。临床上，收集新生儿尿液的方法有三种：消毒胶囊法，膀胱导管法和耻骨穿刺法。其中，耻骨穿刺法被认为是污染少的最可靠方法，但由于其为创伤性方法，故一般不宜常规使用。消毒胶囊法无创伤性，且简便易行，故应用较广。
在诊断时，值得注意的问题是，虽然小儿尿路感染可出现脓尿，但如果仅靠白细胞计数来诊断，常会导致假阴性结果，特别是在感染的早期。另外，查尿常规时要注意除外因脱水所引起的尿中白细胞增多。此外，尿液pH值在6.8以上时，尿中白细胞较易被破坏，也会影响检查的准确性。至于尿常规的其他检查如尿蛋白、尿糖、尿上皮细胞及管型等，和血白细胞计数一样，与小儿尿路感染无明显规律可循。只有尿液细菌的检出，才是最为可靠的诊断依据。尿液离心沉渣涂片染色查找细菌，是一种简便而又可靠的初步诊断手段。必须指出的是：如果尿培养阳性，且怀疑患儿同时伴有全身性感染，必须立即做血培养，以了解是否合并败血症，以期得到早期、及时的诊断和治疗。
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